PCR实验的水，你用对了吗？

　　做分子实验的同学都懂——引物对了、酶没问题、程序也没设错，可PCR就是扩不出来，条带模糊、空白对照出了阳性、重复性时好时坏。排查了一圈，最后发现是水出了问题。

　　实验室里的水看起来都一样透明，但纯度的差别可太大了。自来水里有离子、有机物、微生物；蒸馏水做普通化学实验还行；可到了PCR、酶切、RNA实验这种“高要求”场景，水里残留的微量离子或核酸酶足以让你的实验前功尽弃。

一、你的实验该用哪种水？

按纯度级别从低到高：蒸馏水 < 双蒸水（ddH₂O）< 去离子水 < 超纯水。双蒸水经高压灭菌后称为无菌双蒸水。

取决于产品。

DEPC（焦碳酸二乙酯）通过与RNase活性位点的组氨酸残基的氮原子反应使其失活[2]。但残留的DEPC及其分解产物可能抑制DNA聚合酶活性。

Thermo Fisher等厂家明确标注“DEPC处理水不推荐用于PCR”[4]
部分品牌（如Bioss）的DEPC处理水则标注“可用于PCR等实验”[1]
建议：使用前务必阅读产品说明书。如果不确定，常规PCR优先选用高压灭菌的ddH₂O或PCR级超纯水。

标准制备方法[3]：

在待处理水中加入0.1%（v/v）DEPC
剧烈振摇后，室温静置数小时（或过夜）
高压灭菌去除残留DEPC（DEPC分解为CO₂和乙醇）
⚠️ 关键安全提醒：
DEPC是潜在致癌物，操作需在通风橱中进行并佩戴手套
含Tris的缓冲液不能用DEPC处理——DEPC会与Tris反应[3]
DEPC处理后必须彻底高压灭菌去除残留，否则残留物会抑制酶反应

常规双蒸水制备步骤：

一次蒸馏：将纯水或去离子水加入蒸馏装置，加热蒸馏，收集冷凝水。建议弃去最初约10%-20%的馏出液，以去除挥发性杂质和系统残留物[0]。
二次蒸馏：将第一次收集的蒸馏水再次蒸馏，同样弃去初馏液，收集中段馏分即得ddH₂O。为提高纯度，可在一次蒸馏水中加入碱性高锰酸钾溶液以去除有机物和二氧化碳[0]。
灭菌（可选）：如需无菌水，可将ddH₂O装入耐高压容器，121℃高压灭菌15-20分钟。

实验类型	推荐用水	关键原因
常规PCR、qPCR	高压灭菌ddH₂O或PCR级超纯水	无核酸酶污染，无PCR抑制剂
RNA提取、反转录	DEPC处理水	灭活RNase，保护RNA
酶切反应	高压灭菌ddH₂O	无DNase污染
DNA溶解与保存	ddH₂O或TE缓冲液	TE含EDTA可抑制DNase，但可能影响后续PCR
引物稀释	ddH₂O或TE缓冲液	TE更利于引物长期保存