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DNA Marker选不对,电泳条带全是“蚯蚓”?
发布时间:2026-07-25 点击数:4

一、先搞懂“分子尺子”的刻度怎么来的

DNA Marker(DNA分子量标准物)本质是一组已知长度的DNA片段混合物。它的“刻度”——100 bp、250 bp、500 bp、1000 bp——对应每条带的准确片段长度。

常见的制备方式有三种

制备方法原理特点
PCR扩增法设计多对引物扩增不同长度目标片段目前主流方式,灵活定制,各条带浓度可独立优化
载体酶切法用限制酶切割已知序列的质粒或λDNA传统方法,片段分布固定,浓度难以独立调控
化学合成法人工合成特定序列片段精准,适用于特殊需求

核心要点:所有条带的DNA浓度和片段大小都经过精确标定——这就是你用它做“尺子”的依据。

二、核心成分大起底

市面上的DNA Marker配方大同小异,核心成分就这几样(数据来源于多家品牌产品说明书):

成分它在干嘛常见浓度
Tris-HCl缓冲液稳住pH(通常7.6~8.0)10 mM
EDTA螯合金属离子,抑制核酸酶1~10 mM
甘油增加密度,让样品沉到点样孔底部5%~10%
示踪染料(溴酚蓝/二甲苯青/橙黄G)肉眼监控电泳进度0.008%~0.05%

三、怎么选——不同实验要配不同的“尺子”

不是随便拿一管Marker就能跑所有胶。选型前先问自己三个问题:

问题1:我的目标片段多大?

目标片段范围推荐Marker类型说明
100–2000 bpDL2000PCR最常用,覆盖100、250、500、750、1000、2000 bp
100–5000 bpDL5000覆盖更广,适合大片段PCR
50–1500 bp低范围Marker适合小片段分析(如AFLP、微卫星)
>10 kb大片段Marker(λDNA/Hind III)适合基因组DNA或大质粒
多个片段同时观察宽范围Marker(100–10,000 bp)一管覆盖宽范围

选型原则:应选择在目标片段大小附近条带较密的Marker,这样对目标片段大小的估计更准确。目标片段最好落在Marker条带的中间区域,而非两端

问题2:我要跑琼脂糖凝胶还是PAGE胶?

  • 琼脂糖凝胶:大多数常规Marker适用,片段范围100 bp–10 kb

  • PAGE胶:需选择低范围Marker(50–1000 bp)或专为PAGE设计的Marker,PAGE对小片段分辨率更高

问题3:需要精确定量还是只要看大小?

  • 仅需定性判断大小:常规Marker即可

  • 需半定量或精确片段比对:选择条带浓度已知的Marker(如指示带浓度明确标注的产品)

四、使用要点与参数速查

4.1 凝胶浓度怎么选?

凝胶浓度直接影响分离效果——片段越小,需要的凝胶浓度越高

DNA片段大小推荐琼脂糖凝胶浓度推荐缓冲液
>10 kb0.3%~0.7%1×TAE
0.5–10 kb0.8%~1.0%1×TAE
<0.5 kb1.2%~1.5%1×TAE或0.5×TBE
100–600 bp2.0%~2.5%0.5×TBE
极小片段(如20 bp)5%0.5×TBE

原则:大片段选择低浓度凝胶,用TAE缓冲液体系;小片段选择高浓度凝胶,用TBE缓冲体系

4.2 上样量

参数推荐值说明
常规上样量3–5 μL/孔适用于大多数Marker
宽胶孔(>5 mm)适当增加至5–10 μL根据胶孔宽度调整
窄胶孔(<3 mm)2–3 μL过多会导致条带相互挤压
通用原则每1 mm胶孔宽度加1 μL最通用的计算方式
注意:不同品牌Marker的浓度不同,具体上样量以产品说明书为准。加多条带过曝变胖,加少看不清

4.3 电泳条件

参数推荐值说明
电泳电压4–10 V/cm(按凝胶长度计)跑太快条带歪斜,跑太慢浪费时间
电泳时间以染料前沿跑到凝胶2/3~3/4处为准DL2000在5–7 cm凝胶中约15–20分钟
缓冲液1×TAE或0.5×TBE及时更换新鲜缓冲液

4.4 操作要点

要点说明
无需加热直接化冻、混匀即可上样
使用前充分混匀化冻后需彻底混匀
及时更换电泳缓冲液老化的缓冲液离子浓度降低、pH上升,条带会模糊
使用高质量琼脂糖琼脂糖纯度影响条带清晰度
分装保存避免反复冻融

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DNA Marker实拍.png

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参考文献

[1] Biomart. DNA 分子量标准Marker (100~5000 bp)产品介绍. 2025. —— 用于配方(10 mM Tris-HCl pH 7.6、10 mM EDTA、0.01%溴酚蓝、5%甘油)及上样量3–5 μL

[2] 1 kb DNA Marker R产品说明. —— 用于配方(10 mM Tris-HCl pH 8.0、1 mM EDTA、0.033%溴酚蓝、0.008%二甲苯青、10%甘油)

[3] 生工. DNA 分子量标准 Marker B(100~600 bp)产品说明. —— 用于配方(10 mM Tris-HCl pH 7.6、10 mM EDTA、0.033%溴酚蓝、0.008%二甲苯青、10%甘油)

[4] ACE DL2000 DNA Marker产品说明. 2025. —— 用于DL2000条带组成(100、250、500、750、1000、2000 bp)、上样量3–5 μL及电泳条件

[5] DL2000 DNA Marker产品说明. 北京特可美. —— 用于凝胶浓度1.0–2.0%、电压6–8 V/cm

[6] novoprotein. DNA Marker的选购与问题解答. —— 用于凝胶浓度选择(<0.5 kb用1.2–1.5%、>10 kb用0.3–0.7%)、上样量(每1 mm加1 μL)、保存(4°C 3个月、-20°C 2年)及缓冲液更换

[7] Yeasen. DNA Marker Selection Guide. —— 用于凝胶浓度与片段范围对应表(0.5%~3.0%)、保存条件(室温3–6个月、4°C或-20°C长期)

[8] Yeasen. GoldBand DL5,000 DNA Marker产品说明. —— 用于保存条件(室温6个月、-20°C 2年)、避免反复冻融

[9] 凯基. DNA Ladder DL5000产品说明. —— 用于上样量5 μL(或每1 mm加1 μL)、电压3–7 V/cm

[10] Biomart. DNA Marker电泳常见问题分析. —— 用于条带模糊原因(降解、缓冲液陈旧、电压过高、上样量过多、凝胶质量)

[11] 溴酚蓝-二甲苯青示踪染料迁移速率. 食品百科全书. —— 用于溴酚蓝约300 bp、二甲苯青FF约4 kb的迁移位置


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